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Biomarker Technologies(BMKGene) / フィルジェン ID: J02099

原核生物 mRNA-Seq 受託解析サービス ID: J02099

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mRNAシークエンシングは、特定の条件下で細胞内のすべてのmRNA転写産物の包括的なプロファイリングを可能にします。

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サービスについて

概要

mRNAシークエンシングは、特定の条件下で細胞内のすべてのmRNA転写産物の包括的なプロファイリングを可能にします。この最先端の技術は強力なツールとして機能し、複雑な遺伝子発現プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子メカニズムを明らかにします。基礎研究、臨床診断、および医薬品開発で広く採用されている mRNA シークエンシングは、細胞動態や遺伝子制御の複雑さに関する洞察を提供します。本サービスのサンプル処理は、rRNA 除去とストランド特異性ライブラリーの調製を含む原核生物のトランスクリプトーム用に調製されています。

特長

  • rRNA 除去およびストランド特異性ライブラリー調製
  • 参照ゲノムへのアライメントに基づくバイオインフォマティクス解析（有償オプション）
  • バイオインフォマティクス解析には、遺伝子発現や DEG だけでなく、転写産物の構造や sRNA の解析を含む

厳格な品質管理
サンプルやライブラリーの調製からシークエンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたって管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果の提供を可能にしています。

ストランド特異的なシークエンスデータ
方向性を持つ RNA ライブラリーを調製することにより、アンチセンス転写産物の識別が可能です。

原核生物のトランスクリプトームに合わせた完全な解析
バイオインフォマティクスパイプラインには、遺伝子発現解析だけでなく、オペロン、UTR、プロモーターの同定を含む転写産物構造の解析も含まれます。また、sRNAのアノテーション、つまり二次構造とターゲット予測などの解析にも含まれます。

解析完了後のサポート
プロジェクト完了後3ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。

サービス内容

ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
シークエンスプラットフォーム Illumina NovaSeq X / X Plus
ライブラリータイプrRNA depleted directional library
リード長Paired-end 150bp
推奨データ出力量1～2Gb
データ品質管理Q30≧85％
データ解析
  1. データ QC
  2. 参照ゲノムへのリードマッピング
  3. ライブラリー品質評価： RNA 断片化のランダム性、インサートサイズ、シークエンス飽和度
  4. 予測されるコーディング遺伝子の機能アノテーション
  5. 発現解析： 相関と主成分分析（PCA）
  6. 発現変動遺伝子解析（DEGs）（2つ以上のサンプルグループ）
  7. DEG の機能アノテーション
  8. sRNA 解析： 予測、アノテーション、ターゲット、二次構造予測
  9. 転写物構造解析： オペロン、開始位置と終了位置、非翻訳領域（UTS）、プロモーター、SNP/INDeｌ 解析

＊推奨データ出力量は、参考値です。
＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

【作業内容】
  1. サンプル QC チェック
  2. mRNA 濃縮
  3. ライブラリー作製
  4. シークエンス作製
  5. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）

【解析データ例（参照ゲノム配列あり）】
Sequencing saturation（fig.1）
Functional annotation of coding genes（fig.2）
Correlation between samples（fig.3）
Differentially Expressed Genes (DEGs) analysis（fig.4）
Functional enrichment analysis（fig.5）
sRNA annotation（fig.6）

fig.1 Sequencing saturation

fig.2 Functional annotation of coding genes

fig.3 Correlation between samples

fig.4 Differentially Expressed Genes (DEGs) analysis

fig.5 Functional enrichment analysis

fig.6 sRNA annotation

納品物

  • サンプル QC レポート
  • FASTQ 形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
  • プロジェクトレポート
＊USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

サンプル条件

サンプルタイプ 濃度・量 純度 RIN（Agilent2100）
Total RNA ≧50ng/μL
≧40μL
≧2.0μg		 O.D.260/280：1.7～2.5
O.D.260/230：0.5～2.5
Limited or no protein or DNA contamination shown on gel		 RIN≧6.5
5.0≧28S/18S≧1.0
Limited or no baseline elevation

＊Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。

  1. DNase, RNase フリーの1.5mLまたは2mL（推奨）のチューブを使用してください。
  2. Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃で保存してください。
  3. DNase 処理を行うことを強く推奨します。
  4. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  5. サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 データ量（＊1） サンプル数 価格（税抜）（＊2） 納期（＊3）
原核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス 6Gb 1サンプル以上 お問い合わせ 約2～2.5ヶ月
原核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き		 6Gb 1サンプル以上 お問い合わせ 約2.5～3ヶ月
原核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス（De novo）解析付き		 6Gb 1サンプル以上 お問い合わせ 約2.5～3ヶ月

＊1 取得データ量は、1サンプル1Gb単位でご指定頂きます。上記以外のデータ量をご希望の場合にはお問合せください。
＊2 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。
＊3 納期は、QCチェック合格後となります。
　　年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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