Biomarker Technologies(BMKGene) / フィルジェン ID: J02098

真核生物 mRNA-Seq 受託解析サービス ID: J02098

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mRNAシークエンシングは、汎用性の高い技術であり、特定条件における細胞内のすべてのmRNA転写産物の包括的なプロファイリングを可能にします。

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サービスについて

概要

mRNAシークエンシングは、汎用性の高い技術であり、特定条件における細胞内のすべてのmRNA転写産物の包括的なプロファイリングを可能にします。その幅広い応用により、この最先端のツールは、複雑で多様な遺伝子プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子メカニズムを明らかにします。基礎研究、臨床診断、医薬品開発に広く採用されているmRNAシークエンシングは、細胞動態や遺伝子制御の複雑さに関する洞察を提供し、様々な分野でその可能性に対する好奇心を刺激します。

特長

poly(A) を用いた mRNA のキャプチャー
オプション（無償）のdirectional library調製により、ストランド特異的なシークエンスデータを取得可能
遺伝子発現と転写産物構造解析を含むバイオインフォマティクス解析（有償オプション）

豊富な専門知識
BMKgeneでは、培養細胞、組織、体積など多様なサンプルタイプにわたって200,000以上のサンプルを処理してきました。様々な研究領域において10,000件を超えるmRNA-Seqプロジェクトの成功実績があります。

厳格な品質管理
サンプルやライブラリーの調製からシークエンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたって管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果の提供を可能にしています。

包括的なアノテーション
複数のデータベースを用いて発現変動遺伝子（DEGs：Differentially Expressed Genes）に機能的アノテーションを付け、対応するエンリッチメント分析を行います。この包括的なアプローチにより、トランスクリプトーム反応の基礎となる細胞および分枝プロセスに関する洞察が得られ、プロジェクトの結果について十分な情報を取得できます。

解析完了後のサポート
プロジェクト完了後3ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。

サービス内容

ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】

シークエンスプラットフォーム	Illumina NovaSeq X / X Plus
ライブラリータイプ	Poly A enriched ストランド非特異性/ストランド特異性ライブラリーのいずれかをご選択ください。
リード長	Paired-end 150 bp
推奨データ出力量	6～10Gb
データ品質管理	Q30≧85％
データ解析	Eukaryotic mRNA Sequencing (NGS) with Ref（参照ゲノム配列あり）データ QC 参照ゲノムへのリードマッピング転写産物の構造解析遺伝子発現解析発現変動解析（2つ以上のサンプルグループ） Eukaryotic mRNA Sequencing (NGS) without Ref（参照ゲノム配列なし（de novo））データ QC de novo トランスクリプトームアセンブリ複数のデータベース（NR、Swiss-Prot、COG、KOG、eggNOG、Pfam、GO、KEGG）を用いた遺伝子機能アノテーション CDS予測 SSR解析遺伝子発現解析相関解析（生物学的複製のみ）変動発現解析（2つ以上のサンプルグループ）変動発現遺伝子のエンリッチメント解析タンパク質相互作用解析

＊推奨データ出力量は、参考値です。
＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

【作業内容】

サンプル QC チェック
mRNA濃縮
ライブラリー作製
シークエンス作製
バイオインフォマティクス解析（有償オプション）

【解析データ例（参照ゲノム配列あり）】
Reference Genome Alignment（fig.1）
Data Saturation（fig.2）
Sample Correlation and assessment of biological replicates（fig.3）
Differentially Expressed Genes (DEGs)（fig.4）
Functional Annotation of DEGs（fig.5）
Functional Enrichment of DEGs（fig.6）

fig.1 Reference Genome Alignment

fig.2 Data Saturation

fig.3 Sample Correlation and assessment of biological replicates

fig.4 Differentially Expressed Genes (DEGs)

fig.5 Functional Annotation of DEGs

fig.6 Functional Enrichment of DEGs

納品物

サンプル QC レポート
FASTQ 形式のシークエンスデータ
バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
プロジェクトレポート

＊USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

サンプル条件

ライブラリータイプ	各種必要条件詳細	RIN(Agilent2100)	純度（NanoDrop^TM）
ストランド非特異性ライブラリー / ストランド特異性ライブラリー	サンプルタイプ：Total RNA 量：≧0.4μg 液量：≧40μL 濃度：≧10ng/μL	植物：RIN≧4.0 動物：RIN≧4.5 5.0≧28S/18S≧1.0 Limited or no protein or DNA contamination shown on gel	O.D.260/280：1.7～2.5 O.D.260/230：0.5～2.5 Limited or no protein or DNA contamination shown on gel

＊Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。

DNase, RNase フリーの1.5mLまたは2mL（推奨）のチューブを使用してください。
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃で保存してください。
DNase 処理を行うことを強く推奨します。
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目	データ量（＊1）	サンプル数	価格（税抜）（＊2）	納期（＊3）
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス	6Gb	1サンプル以上	お問い合わせ	約1.5～2ヶ月
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービスバイオインフォマティクス解析付き	6Gb	1サンプル以上	お問い合わせ	約2～2.5ヶ月
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービスバイオインフォマティクス（De novo）解析付き	6Gb	1サンプル以上	お問い合わせ	約2～2.5ヶ月

＊1 取得データ量は、1サンプル1Gb単位でご指定頂きます。上記以外のデータ量をご希望の場合にはお問合せください。
＊2 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。
＊3 納期は、QCチェック合格後となります。
　　年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

受託オンラインCommissioned Research Online四国理科株式会社 四国理科株式会社