理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J02079

Visium 空間トランスクリプトーム解析 ID: J02079

サービスについて

概要

Visium(10XGenomics社)の空間トランスクリプトーム(Spatial Transcriptomics)技術は、全mRNA情報をもとに組織内の細胞分布や遺伝子発現パターンを明らかにする注目の解析技術です。この技術では、FFPEや新鮮凍結組織の形態学的情報をトランスクリプトーム全体と統合して解析します。これにより、組織全体の遺伝子発現パターンを可視化し、細胞間の相互作用や空間的な構造との関連性を明らかにします。
疾患の病理学的研究、臨床応用研究、発生学などにおいて有用な解析技術です。

理研ジェネシス Visium空間トランスクリプトーム解析の強み

  • ハイスループットなアッセイ系で数千検体規模の調査・コホート研究に対応
  • 様々な機関から認められた品質保証で医薬品開発にも対応
  • 経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポート体制
  • 検体は凍結組織やFFPEブロックでも受け入れ可能、切片作製サービスあり(オプション)

特長

  • 空間トランスクリプトームの実現
    Visiumは、網羅的な遺伝子発現データを組織の空間情報と統合することで、組織内の構造的特性を可視化します。組織切片を用いた分析により、細胞の位置情報と遺伝子発現パターンを同時に取得します。
  • 多様なサンプルに対応
    ヒトとマウスに対応し、正常、疾患組織を問わず、幅広い応用が可能です。FFPE・固定組織に対応しています。
    * 新鮮凍結組織をご希望の場合は、別途ご相談が必要です。
  • 高解像度なデータを取得
    高密度スポット(1スライドに数千スポット、Visium HD)により、1細胞レベル程度の高解像の遺伝子発現データを取得します。そのため、微細な局所環境の解析も行うことができるようになりました。
  • 直感的なデータの可視化
    10xGenomics社が提供する専用のソフトウエア Loupe Browserを使用して結果を視覚的に確認できます。
    取得データは他のデータ解析ツールとの互換性もあるため、カスタマイズの解析を実施することも可能です。
  • 多くの研究分野での活用
    がん研究、神経科学、発生生物学、免疫学など、幅広い分野でご活用いただけます。疾患メカニズムの解明や新規バイオマーカーの発見に寄与します。Visiumは、組織レベルでの遺伝子発現解析を革新し、次世代の研究を支える強力なツールです。

Visiumスライド一覧

本サービスでは、Visium HDとVisium v2を取り扱っています。
mRNAの
検出方法
Visium
スライド
キャプチャー領域
サイズ
アレイの構成 生物種 検出できる
遺伝子数
CytAssist対応
プローブベース
ケミストリー
(FFPE用)
Visium HD 6.5mm x 6.5mm 位置情報を2 x 2μmの正方形で隙間なく取得、
データは2μmおよび複数のbinサイズで出力
メーカー推奨解析binは8 x 8μm(fig.1
ヒト 約18,000
マウス 約19,000
Visium V2 6.5mm x 6.5mm
11mm x 11mm
位置情報を直径55μmの円形で取得、
円中心の距離は100μm(fig.2
ヒト 約18,000
マウス 約19,000

サービスの流れ

国内ラボにて、Visium CytAssistを用いてFFPE切片からライブラリーを作製し、次世代シーケンサーでデータを取得します。(fig.3
ご提出検体の種類によって、3パターンのメニューをご用意しております。(fig.4

検体種

FFPE切片 / FFPEブロック
* 凍結組織をご希望の場合は、別途ご相談ください。


納品物

解析報告書、データHDD:リード情報(FASTQ)、サマリーレポート(HTML)、Loupe Browser用入力ファイル(cloupe)
* 基本解析の場合

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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