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KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J01933

空間トランスクリプトーム解析　Xenium In Situ ID: J01933

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Xenium In Situ はFFPE切片または新鮮凍結切片に対して空間的トランスクリプトーム解析を行うことが可能です。

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サービスについて

空間トランスクリプトーム解析 Xenium In Situの特徴

  • Xeniumは高い感度と特異性を有するプローブを用いてIn Situ Hybridizationを行い、数百種ものターゲットRNAの発現を1細胞レベルの解像度で直接検出します。
  • イメージング可能領域は10.45mm x 22.45mm、領域内に一個の大きいサンプルまたは複数の小さいサンプルを貼りつけて解析することができます。
  • Xeniumで解析後の組織切片を用いて、H&E染色やVisiumによる空間的遺伝子発現解析を実行することも可能です。

検出方法の概要

Padlock probeと呼ばれるターゲットとなる遺伝子に相補的な配列を両端に持つプローブを使用することで、ターゲットの遺伝子に正しくハイブリダイゼーションしたプローブだけがプローブ両端のライゲーションによりサークルを形成します。
サークル状になったプローブに対してローリングサイクル増幅反応をかけることで蛍光物質の結合サイトを多数持つ長鎖DNAが生成されます。
結合サイトに蛍光物質のついたプローブをハイブリダイズします。
Xenium Analyzer で蛍光を解析し、ターゲット遺伝子の発現を高い感度と特異性で検出することが出来ます。

fig.1 検出方法

サンプル調製のフロー

10x Genomic社のXenium In Situ Gene Expression Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調製します。

fig.2 サンプル調製のフロー

＊ お客様が作製されたFFPE切片あるいは新鮮凍結切片をKOTAIバイオ社よりお送りするXenium専用スライドに貼り付け、KOTAIバイオ社までご送付ください。その後、Xenium In Situを実施します。
＊ ご要望に応じて、切片作製や、カスタムプローブ作製支援、バイオインフォマティクス情報解析も行います。(料金別途)

プローブセットについて

Xenium In Situでは事前に検証された遺伝子パネルセットを使用することが出来ます。
設計済みパネルに無い遺伝子等を目的とする場合にはカスタムパネルを設計することも可能です。
設計済みパネルと主なターゲットは以下の通りです。
ターゲット パネル数
ヒト 乳腺：乳腺細胞、上皮細胞、脂肪細胞、腫瘍など 280遺伝子
脳：アストロサイト、ミクログリア、膠芽腫、アルツハイマー病、パーキンソン病など 266遺伝子
肺：I型＆II型肺胞上皮細胞、線毛細胞、内皮細胞、COVID-19など 289遺伝子
マルチ組織：乳房、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、膵臓などの遺伝子マーカー 377遺伝子
大腸：吸収上皮細胞、内分泌細胞、杯細胞、パネート細胞、線維芽細胞など 325遺伝子
皮膚：ケラチノサイト、メラノサイト、血管内皮、メラノーマなど 282遺伝子
マウス 脳：アストロサイト、インターニューロン、ミクログリア、オリゴデンドロサイトなど 247遺伝子
組織アトラス：膀胱、骨髄、脳、心臓、腎臓、四肢筋、肺、膵臓、胸腺などの遺伝子マーカー 379遺伝子

＊10X Genomics社のHPから各パネルの遺伝子リストをダウンロードすることが出来ます。
＊お客様の興味ある遺伝子が含まれているか十分に確認し、必要に応じてカスタムプローブの追加(各パネルに最大100種類のプローブを追加することが可能です)をご検討ください。
＊カスタムプローブのデザインから受け取りまでには3ヶ月程度の時間がかかるため、お急ぎの場合にはお気をつけください。

サンプル受入条件

OCT包埋された新鮮凍結切片 FFPE切片
専用の Xenium slide の表側に切片を貼り付けていること
Fiducial(解析エリアの外側にある＋マーク)に切片が重なっていないこと
10μm厚 5μm厚
事前に別途切片を作製しHE染色・イメージングし、崩れがないことを確認していること
＊事前確認は通常のスライドガラスに貼り付けて実施してください

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期（おおよそ）
Xenium In Situ(スライド2枚分。パネル費用除く) ￥1,800,000 6週間
パネル費用 ￥66,000～ 遺伝子パネル価格・納期は試薬輸入元の(株)スクラムまでお問い合わせください
10xgenomics@scrum-net.co.jp
カスタム100遺伝子追加 ￥1,250,000～

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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